NTFS siempre ha sido un sistema de archivos más eficaz que FAT y FAT32. En Windows 2000, Windows XP y la familia Windows Server 2003 se incluye una nueva versión de NTFS, compatible con varias características, entre las que se incluyen Active Directory, que es necesaria para los dominios, las cuentas de usuario y otras características de seguridad importantes. Para obtener más detalles acerca de las características de NTFS, vea NTFS.
FAT y FAT32 son similares entre sí, excepto en que FAT32 está diseñado para discos de mayor tamaño que FAT. El sistema de archivos que trabaja de forma más sencilla con discos grandes es NTFS.
En la tabla siguiente se describe la compatibilidad de cada sistema de archivos con varios sistemas operativos.
Nota
La elección del sistema de archivos no afecta al acceso a los archivos en la red. Por ejemplo, el uso de NTFS en todas las particiones de un servidor no influye en los clientes que se conecten a través de la red a las carpetas compartidas o los archivos compartidos de ese servidor, incluso si en los clientes se ejecuta un sistema operativo anterior como Windows 98 o Windows NT.